Факультет математики и информатики был образован в Амурском государственном университете по приказу ректора Б. А. Виноградова 11 января 1995 года.
Деканом факультета был назначен доктор техн. наук, профессор Еремин Е.Л., который возглавлял факультет до сентября 2009 года и внес значительный вклад в становление и развитие факультета.
ППС кафедр имеет высокий интеллектуальный потенциал. В настоящее время на факультете работает 4 доктора наук: Плутенко А.Д., Еремин Е.Л., Еремин И.Е., Масловская А.Г. и более 20 кандидатов наук.
Нашими учеными опубликовано более 50 монографий, разработано более 90 патентов и зарегистрировано более 100 программ для ЭВМ. На факультете с 2002 года выпускается журнал «Информатика и системы управления», входящий в перечень изданий, рекомендованных ВАК.
Преподаватели факультета постоянно повышают квалификацию в других вузах РФ, участвуют в международных научных проектах.
Главная гордость факультета – это студенты, активно занимающиеся научной деятельностью, участники и победители конкурсов и олимпиад, отличники, активисты студенческого самоуправления, спортсмены.
Команды студентов традиционно принимают участие в региональных и всероссийских олимпиадах по математике, в соревнованиях мирового чемпионата по программированию ACM, лучшие научные работы студентов выставлялись и побеждали на Всероссийских конкурсах.
За годы работы факультет выпустил более 1500 специалистов, из них 227 получили дипломы с отличием, более двадцати выпускников получили ученую степень кандидата наук, один выпускник стал доктором физ.мат. наук, более 10 остались работать в Almamater.
Высокий уровень подготовки выпускников позволяет успешно продолжать образование, обучаясь в магистратуре различных университетов нашей страны, а также и за рубежом и конкурировать на рынке труда различных городов не только России. Они работают в сфере информационных технологий в Австралии, Германии, Новой Зеландии, Китае, США.